Nach dem elf Jahre dauernden mexikanischen Unabhängigkeitskrieg (1810-1821) hatte sich Mexiko erfolgreich von Spanien befreit. Daraufhin wurde Kalifornien mexikanische Provinz. Um die kalifornische Bevölkerung zu kontrollieren, setzte auch die mexikanische Regierung zunächst auf das Missionssystem.
Mit der Unabhängigkeit Mexikos von Spanien endete auch die Europäische Herrschaft über Kalifornien. Die Missionsstationen verloren zunehmend ihre Bedeutung, während die Ranchos und die Pueblos bedeutender wurden. Mitte der 1840er-Jahre entstand durch die Einwanderung von hauptsächlich englischsprechenden Amerikanern eine neue „sprachliche“ Grenze durch Kalifornien. 1846 war die spanischsprachige Bevölkerung von Alta California auf unter 10’000 Personen gefallen. Diese Californios arbeiteten noch hauptsächlich auf den Ranchos, während die US-Amerikaner und die eingewanderten Europäer den Handel beherrschten. Zwar waren sie zahlenmässig noch deutlich unterlegen, nahmen aber rasch wichtige Positionen ein. Im Gegensatz zu den Californios waren die Einwanderer fast ausschliesslich Männer.
Die meisten Missionen selbst waren klein und nur von zwei Franziskanern und sechs bis acht Soldaten bewohnt. Gebaut worden waren sie von den Einheimischen unter der Aufsicht der Mönche. Neben den misiónes gab es noch einige Siedlungen (pueblos) und vier presidios (Festungen) entlang dem Camino Real. Die Stationen entlang den 600 Meilen (966 km) zwischen San Diego und Sonora waren jeweils etwa 60 Kilometer, das entsprach einem Tagesritt, voneinander entfernt. Nachdem der Mexikanische Unabhängigkeitskrieg ausgebrochen war, blieb die Unterstützung der Missionen durch die Spanische Krone, und später der mexikanischen Regierung, aus und die Mönche und die getauften Christen in und um die Station waren auf sich gestellt.
1827 erliess die nun mexikanische Regierung ein Gesetz, das alle Spanier des Landes verwies, womit die Zahl der Kleriker rapide abnahm. Die Regierung säkularisierte mehrere der Stationen und verkaufte sie anschliessend. Diese Ranchos, wie die Stationen mit ihren Gehöften genannt wurden, wurden häufig Eigentum von neuen Siedlern, die sie weiterhin mit der Unterstützung der konvertierten Indianer betrieben, und dadurch schnell einen sozialen und wirtschaftlichen Aufstieg erfuhren.
Die Californios waren mit dieser Lage nicht zufrieden. Der Konflikt gipfelte im Aufstand der Garnison von Monterey im Jahr 1828 gegen den Gouverneur José Maria Echeandia. Auch der neue mexikanische Gouverneur Manuel Victoria wurde von allen abgelehnt, auch von den Grossfamilien, die sich bisher mit dem System abgefunden hatten. Im November 1831 kam es zu einem Aufstand, in dessen Verlauf vorübergehend Los Angeles und San Diego von den Californios erobert wurden. Ähnlich geschah es bei der „Revolution“ durch Juan Bautista Alvarado 1836. Dieser übernahm die Kontrolle über die Hauptstadt Monterey und deportierte die meisten Offiziellen, während er die Unabhängigkeit und die Souveränität von Kalifornien ausrief. Allerdings weigerte er sich anschliessend nicht, den Gouverneursposten anzunehmen, den ihm Mexiko 1837 anbot, wodurch diese „Autonomie“ gar nicht zum Tragen kam. Erst nachdem Kalifornien ein amerikanischer Bundesstaat geworden war, entschied der Supreme Court, dass die Ranchos an die entsprechenden Orden zurückzugeben seien.
Die bereits erwähnten mexikanischen Gesetze erklärten alle Spanier zu „illegalen Immigranten“, womit auch die meisten Franziskaner abziehen mussten. Dabei nahmen sie alles mit, was irgendwie von Wert war, und die Stationen wurden anschliessend von den Mexikanern geplündert oder als Steinbruch verwendet.
Als 1836 Texas seine Unabhängigkeit von Mexiko ausrief reagierten die Mexikaner mit militärischer Intervention, indem sie den Rio Grande überquerten und texanische Siedlungen angriffen. Die Texaner konnten die Mexikaner jedoch in die Schranken weisen und behielten so ihre Unabhängigkeit.
Mehrere Kaufgesuche für Kalifornien und grosse Teile von Nevada, Utah und Arizona seitens der Vereinigten Staaten wurden von der mexikanischen Regierung jeweils abgelehnt und führte zu Spannungen innerhalb dieser beide Staaten. Grenzüberschreitende Scharmützel waren an der Tagesordnung und brachten mit der Zeit das Fass zum Überlaufen.
Am 25. April 1846 griff die mexikanische Kavallerie US-Truppen im umstrittenen Grenzgebiet an. Darauf erklärte die USA am 13. Mai 1846 Mexiko den Krieg. Es folgte ein fast zweijähriger Krieg zu Lande und auf See, selbst Mexiko-Stadt wurde von den US Truppen eingenommen. Die Mexikaner hatten eigentlich nie eine reelle Chance, diesen Krieg für sich zu entscheiden. Auf der Seite der Mexikaner fielen 16'000 Mann, auf der Seite der USA waren es über 13'000 Mann, wobei 11'500 Personen an diversen Krankheiten erlagen und somit nicht im Kampf gefallen waren.
Es war eine wirre Situation, in der jede beteiligte Partei versuchte, ihre jeweiligen Interessen bestmöglichst zu verfolgen, um ihre Ziele zu erreichen. Es war eine Zeit, wo vieles im Auf- und Umbruch war. Man riskierte auch etwas, da man wusste, dass Mexiko, das sich vom Joch Spaniens befreien konnte, politisch und auch wirtschaftlich sehr instabil war und obendrein auch noch chaotisch regiert wurde. Nebst den zwei Hauptprotagonisten in diesem Krieg (Mexiko und die damaligen Vereinigten Staaten) waren auch noch weitere Gruppierungen aktiv.
Die kleinste dabei war eine Vereinigung von Sympathisanten, die meinten, der beste Weg in die Zukunft für Kalifornien sei, sich der Englischen Krone anzuschliessen. Diese Idee wurde aber bald als zu riskant angesehen und zu Grabe getragen.
General Sutter äusserte sich sogar dahingehend, dass er sein „New Helvetia“ unter Flagge Frankreichs stellen werde und genoss dabei die Unterstützung des mexikanischen Militärchefs in Kalifornien José Castro.
Die grösste Bewegung aber bestand aus dem hispanisch-kalifornischen Militär, der Oberschicht und der Regionalregierung von und rund um Monterey, das damals das am dichtesten besiedelte Gebiet war. Sie beabsichtigten, Oberkalifornien (Alta California) von Mexiko zu lösen und während des Kriegs neutral zu halten. Diese Gruppierung nannte man Californios; die das Ziel eines souveränen Staates ohne Befehlsgewalt von Washington aus hatten. Diese Versammlung ging als die Junta von Monterey in die Geschichtsbücher ein.
Die Kampftruppe der Junta von Monterey unterlagen aber im Kampf den Streitkräften der parallel von US-amerikanischen Siedlern in Sonoma gebildeten “Republik Kalifornien“, die stark mit den damaligen Vereinigten Staaten sympathisierten und von deren Kavallerie unterstützt wurde.
Am 2. Februar 1848 unterzeichneten die Vereinigten Staaten und Mexiko den Vertrag von Guadalupe Hidalgo, in dem die Mexikaner gegen den Erhalt von 15 Millionen Dollar (in heutiger Kaufkraft rund 460 Mio. US-Dollar) und die Übernahme mexikanischer Schulden bei den Amerikanern, den Rio Grande als Grenze von Texas akzeptierten und ein 1,36 Mio. km² grosses Gebiet abtraten, das im Westen die heutigen Staaten Arizona, Kalifornien, Nevada, Utah sowie Teile von Colorado, New Mexico und Wyoming umfasst. Umgerechnet bedeutet das in etwa aktuellen 12 Millionen für ein Gebiet so gross wie die Schweiz! Die Vereinigten Staaten erstreckten sich nun von Ozean zu Ozean. Mexiko verlor durch die Abtretungen knapp die Hälfte seines damaligen Staatsgebietes. In diesen Gebieten lebten allerdings nur 1 bis 2 % der mexikanischen Bevölkerung und zum damaligen Zeitpunkt befanden sich dort wenige bekannte natürliche Ressourcen. Somit hatte der Gebietsverlust keine Auswirkungen auf die mexikanische Wirtschaft. Weitergehende Forderungen, die Abtretung Baja Californias betreffend, konnten von den mexikanischen Unterhändlern abgewehrt werden. Ein kleiner Teil New Mexikos und Arizonas wurde 1853 durch den Gadsden-Kauf von den Vereinigten Staaten erworben. Die letzten US-Soldaten verließen am 1. August 1848 mexikanischen Boden.
Hauptverantwortlicher für die vielen, oft instabilen Regierungen seitens Mexikos und die zahlreichen Militärrevolten war bis 1848 General Antonio López de Santa Anna als mehrmaliger Rebell und Präsident-Diktator.
Die anderen zwei Teile des historischen Territoriums von Kalifornien sind die heutigen mexikanischen Bundesstaaten Baja California (Niederkalifornien) und Baja California Sur (Süd-Niederkalifornien).
Auch heute noch (Tendenz steigend) mögen sich die USA und Mexiko nicht wirklich. Es schwingt immer noch der Vorwurf mit, dass die riesigen Gebiete, die einst Mexiko gehörten, von den USA gestohlen wurden.